Batman: Arkham Asylum annab mängija kontrolli alla Maailma Parima Detektiivi - Batmani enda. Batman on just anonüümsete vihjete alusel Arkhami hullumajja kupatanud mitu kurikaela ning lõpuks tabanud ka "pearoa" - Jokeri. Joker aga seda just ootabki ning hullumajja jõudes õige madin alles algab. Batmani ootab ees üks väga pikk öö.